指雲寺位於拉市壩西部山麓,始建於清雍正五年(1727年),為麗江五大喇嘛寺之一。相傳有個異人,向創寺人立相喇嘛手指西空一片彩雲說:「此可建寺」。雲下從此建寺,故取名曰指雲寺。該寺原有 13 院,現存 1 個大院及 5 個小院。大院為二進院落,有門樓、過廳、廂房、大殿,整個建築外形精巧,內部庭院植有兩三百年年樹齡的岩桑、槐、銀杏、腦脂梅和雲南櫻花等五株古樹名術,環境幽靜古樸。
近年又在寺後南側坡上,發現一堵奇石,從不同角度看,該石分別呈現男女生殖器形,據考證屬極其神秘的人類早期生殖圖騰遺蹟。據說,舊時當地婚後無子女者必到此石旁焚香脆拜以求子嗣。此石刻經文及生殖圖騰遺蹟的發現,給指雲寺增添了一大奇景。